Seizoen 2 begint met schokkende onthullingen over Jane Doe’s ware identiteit en haar connecties met de terroristische groep Sandstorm. Nadat Jane uit de CIA-cel is ontsnapt waar ze werd gemarteld, wordt ze al snel weer opgepakt door Wellers FBI-team, dat haar overhaalt om dubbelspion te worden. Nas Kamal – hoofd van een geheime afdeling van de NSA – sluit zich aan bij Weller, Patterson, Reade en Zapata om te helpen Sandstorm ten val te brengen, waar Roman en Shepherd nu actief zijn. Met dreigingen van aanslagen van diverse kanten wordt het steeds belangrijker dat de geheimen achter Janes tatoeages snel worden opgelost. Verraad en achterdocht dreigen Jane en het team echter voorgoed uit elkaar te drijven. 22 afleveringen vol spanning en sensatie, waarin steeds weer een andere tatoeage op Janes lichaam moet worden ontcijferd… voordat er nog meer onschuldige slachtoffers vallen!
